فروشگاه الکتروتعاون، علاوه بر امکان پرداخت وجه بصورت حضوری، یا انتقال از طریق دستگاه خودپرداز، امکان پرداخت الکترونیکی را با همکاری بانک ملت بصورت آن‌لاین (اینترنتی)، نیز فراهم کرده است.
وب‌سایت فروشگاه الکتروتعاون طی قرارداد رسمی شرکتِ «به پرداخت ملت» (متعلق به بانک ملت) منعقد کرده است، به‌عنوان «پذیرنده کارت» از امکانات پرداخت آن‌لاین این بانک استفاده می‌کند. کلیه‌ی کارت‌های عضو شبکه شتاب از این طریق به صورت اینترنتی قابلیت پرداخت دارند. هم‌چنین مشتریان می‌توانند بدون داشتن حساب در بانک، با خرید کارت‌های پیش‌پرداخت بانک ملت که در اکثر دفاتر پستی و شعب آن بانک ارائه می‌شود از خدمات پرداخت آن‌لاین بهره‌مند شوند.
تأمین امنیت اطلاعات حساب‌ها و کارت‌های بانکی مشتریان فروشگاه الکتروتعاون، مستقل از این وب‌سایت و به عهده‌ی بانک طرف قرارداد (بانک ملت) است. این بانک برای بالابردن امنیت اطلاعات، در درگاه پرداخت آن‌لاین خود از یک گواهی‌نامه‌ی SSL استفاده می‌کنند که از گواهی‌نامه‌ی SSL وب‌سایت الکتروتعاون مستقل میباشد.
لازم به ذکر است که هیچ‌کدام از اطلاعات شخصی حساب بانکی مشتریان، شامل رمز اینترنتی، کدهای امنیتی، تاریخ انقضاء و موارد مشابه، توسط بانک به فروشگاه الکتروتعاون اعلام نمی‌شود. این اطلاعات نزد بانک محفوظ خواهد بود.
